En 1958, a la muerte de Pío XII, los cardenales eligieron como su sucesor al patriarca de Venecia Angelo Giuseppe Roncalli, que tomó el nombre de Juan XXIII. Los cardenales pensaban en un papado de transición después del de su predecesor. Sin embargo, Juan XXIII se sintió llamado por la Providencia a llevar a la Iglesia al encuentro de las mujeres y los hombres de nuestro tiempo.
Inmediatamente después de su elección pensó en un concilio ecuménico, una gran asamblea de prelados católicos de todos los países donde la Iglesia estaba presente. A través de los cardenales y obispos todos los católicos del mundo debían participar en ese evento extraordinario.
La iniciativa del Pontífice fue un signo de esperanza, una perspectiva de paz y bienestar para la humanidad. Pronto comenzaron los preparativos para la gran asamblea, cuya fecha de inicio se fijó para el 11 de octubre de 1962.
Como miembros con pleno derecho a participar en la asamblea conciliar, sólo se nombraban obispos católicos. Hubo también expertos, en su mayoría teólogos, que intervinieron tanto en la preparación de los textos como en el desarrollo del Concilio y fueron invitados, como observadores, representantes de otras comunidades cristianas como ortodoxos, protestantes y anglicanos. Los laicos también fueron invitados como auditores.
El Concilio se celebró en cuatro sesiones que se celebraron en cuatro años consecutivos, de 1962 a 1965, en los meses de noviembre y diciembre.
En la primera sesión, en 1962, se presentaron 70 borradores para otros tantos documentos. Muchos eran repetitivos, otros trataban temas demasiado específicos. El Concilio corrió el riesgo de convertirse en una cansada repetición de argumentos ya familiares.
Para trabajar en las diversas comisiones creadas, los padres conciliares eligieron expertos, no solo teólogos de Roma, sino de todo el mundo católico, especialmente de los países del centro y norte de Europa. En otra sesión se sometió a votación el esquema sobre la revelación divina. El documento preparado fue bastante decepcionante y la mayoría de los obispos votaron no solo por una revisión, sino por una reescritura total del texto.
Así transcurrieron los tres meses de la primera sesión conciliar entre giros repentinos y la escucha monótona de la presentación de los documentos. Sin embargo, al mismo tiempo, se iba creando en los espacios de descanso, lugares de encuentro y de conocimiento entre los obispos que permitieron crecer en la comunión entre obispos, que eran de orígenes y culturas muy diferentes. Esta primera sesión fue un período preliminar que sirvió para perfeccionar un método de trabajo eficaz. En las siguientes sesiones, el Concilio pudo dar los frutos esperados por la Iglesia Católica.
En los días inmediatamente posteriores a la conclusión de la primera sesión del Concilio, se habían difundido noticias inquietantes: el Papa estaba gravemente enfermo. Su salud se deterioró rápidamente y el 3 de junio de 1963, el Papa bueno que había convocado el Concilio falleció.
La muerte de Juan XXIII dejó un profundo vacío. Algunos temían por la reanudación del Concilio; otros, especialmente en la curia, querían poner fin a esa aventura considerada peligrosa y dañina para la autoridad del Papa. El cónclave eligió al cardenal Montini, de Milán, que tomó el nombre de Pablo VI. Una de sus primeras decisiones fue continuar con el Concilio.
La segunda sesión comenzaría el 29 de septiembre. En la sesión de apertura de la segunda sesión, el nuevo Papa propuso un programa a los obispos: El Concilio debía alentar una mejor conciencia de la Iglesia sobre sí misma, favorecer su renovación, apuntar a la unidad de los cristianos y al diálogo con el mundo contemporáneo.
Bajo la dirección de los moderadores nombrados por Pablo VI, en la segunda sesión, se examinó sobre todo el esbozo de la Constitución Lumen Gentium, uno de los grandes documentos conciliares que trata de la Iglesia, de la comprensión que tiene de sí misma, de su función espiritual y de su organización. También se aceptaron los pequeños cambios realizados en la Constitución Sacrosanctum Concilium, sobre la liturgia, que ya había sido ampliamente discutida en la primera sesión. Finalmente, se discutió un documento sobre el ecumenismo que fue muy debatido. La segunda sesión del Vaticano II había logrado buenos resultados.
La tercera sesión, en 1964, comenzó con la concelebración presidida por el Papa junto con 24 padres conciliares. Fue una de las primeras reformas litúrgicas aprobadas por el Vaticano II. Los principales documentos presentados en la tercera sección fueron el texto reescrito de la futura Constitución sobre la revelación divina y el de la Iglesia en el mundo contemporáneo. El primero de ellos, que acabaría llamándose Dei Verbum, fue bien recibido en general. El de la presencia de la Iglesia en el mundo suscitó, sin embargo un largo debate. Algunos padres le reprocharon tener una lectura predominantemente sociológica. Otros creían que partía de una visión demasiado optimista del mundo contemporáneo.
Al final se decidió mantener el esquema, encomendando a algunos expertos de habla alemana, incluido el futuro Benedicto XVI, la tarea de hacer el texto más acorde con la realidad, mostrando también los límites así como los méritos de los cambios que se han producido. acontecido en la Edad Moderna.
También en esta sesión se discutió mucho el esquema sobre el apostolado de los laicos que fue finalmente aprobado y la cuestión de la libertad religiosa, que se envió a la siguiente sesión para conseguir un apoyo mayor.
En la apertura de la cuarta sesión, Pablo VI instituyó el sínodo de los obispos. A intervalos regulares, algunos obispos representantes del episcopado mundial serían invitados a reunirse para dar al Papa una contribución de consejo y colaboración.
Durante esta sesión se estudiaron las últimas propuestas de mejora de los textos ya examinados y se sometieron definitivamente a votación los textos revisados. Finalmente, la asamblea de los padres conciliares aprobó 4 Constituciones: Sacrosanctum Concilium, sobre la sagrada Liturgia; Dei Verbum, sobre la Divina revelación; Lumen Gentium, sobre la Iglesia; y Gaudium et Spes sobre la Iglesia en el mundo actual. Además se aprobaron 9 decretos y 4 declaraciones.
